五月（５月）
春すぎて夏来にけらし白妙の 衣ほすてふ天の香具山
（持統天皇）
先ずはこちらへ
（右手型分子と左手型分子）
研究室のマスコット ガフィー
よろしく
夢を膨らまそう
If you can dream it, you can do it !
ようこそ化学と生命科学と
コンピュータシミュレーション
そして
ミニカーの部屋へ
2012年（平成２４年）
五月（５月）
春すぎて夏来にけらし白妙の 衣ほすてふ天の香具山
（持統天皇）
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（右手型分子と左手型分子）
研究室のマスコット ガフィー
よろしく
夢を膨らまそう
If you can dream it, you can do it !
 Welcome |
| 有機化学、生命科学、分子計算化学、量子生命化学、そして |
| 生命情報学についての講義や教育、および研究を行っています |
To
| 岡山理科大学 直島好伸研究室 コンピュータシミュレーション |
新入生の皆さん(化学基礎論など）
|
GO! |
| 解析支援ネットOKAYAMA コンピュータシミュレーション 連絡先 解析支援ネットOKAYAMA 事務局 E-mail : kaiseki@okakogi.go.jp ホームページ http://www.optic.or.jp/kaiseki-shien-net 私たちは、分子解析グループに所属しています 分子・原子、バイオ・ナノテク、機能物質、立体構造の４分野 ユーザー会員を募集しています 《解析支援ネットOKAYAMAの新しいパンフレットができました》 ２００９年６月 神戸市と計算科学振興財団によるシミュレーション ミニシンポジウム 日時：平成２２年１１月１９日（金）１４：００－１７：１５ 場所：岡山理科大学 ２５号館 ４階 ２２５４４講義室 主催：解析支援ネットOKAYAMA 共催：岡山理科大学総合情報学部 コンピュータシミュレーション学科 終了しました ・岡山大学、岡山県立大学、岡山理科大学から、多くの学生の皆様が 参加下さいました。お礼申し上げます ・少なくない数の学生さんから、神戸ポートアイランドのスパコン環境を 見学してみたいという希望が寄せられています 受 付 13：15 1. 挨 拶 14:00-14:05 柳 瀬 眞一郎 教授 解析支援ネットOKAYAMA 会長 岡山大学工学部 機械工学科 14:05-14:10 直 島 好 伸 教授 解析支援ネットOKAYAMA 副会長 岡山理科大学総合情報学部 コンピュータシミュレーション学科 2. 講 演 14:10-15:00 スパコンの産業利用について 福 田 正 大 氏 （財）計算科学振興財団 チーフコーディネーター 内容：次世代スパコン「京」プロジェクトの経緯の紹介とシミュレーションの 産業利用事例の紹介 15:00-15:40 コンピュータシミュレーションの人材育成と普及、促進 － 一実験化学者の考え － 直 島 好 伸 教授 岡山理科大学総合情報学部コンピュータシミュレーション学科 15:40-15:55 休 憩 15:55-16:35 医療産業都市ビジネスの展開について 松 崎 太 亮 氏 神戸市企業誘致推進本部 スパコン・大学グループ 内容：神戸医療産業都市の進捗説明とスパコンを利活用した ビジネスチャンスについて 16:35-17:15 （財）計算科学振興財団の事業概要とFOCUSスパコンについて 小八木 孝 志 氏 （財）計算科学振興財団 コーディネーター 内容：財団の事業概要とFOCUSスパコン利用の説明について （FOCUSスパコンとは，計算科学振興財団が独自に所有している小型スパコンです。） 解析支援ネットOKAYAMA 分子解析グループ 「解析技術普及セミナー」 開催 平成２２年９月１０日（金） １３：３０ 岡山理科大学 コンピュータシミュレーションの普及、促進を目指して： 日時：９月１０日（金）１３：３０－１７：００ 1. はじめに 直 島 好 伸 先生 解析支援ネットOKAYAMA 岡山理科大学総合情報学部 2. 講 演 １）クラウドコンピューティング型Gaussian量子化学計算 13:35-14:10 2008年11月よりHPCシステムズがサービス提供しているGaussianクラウドコンピューティング ２）クラウド型Amber・Gaussian計算プラットフォーム 14:10-14:45 岡山理科大学直島研究室と共同研究の下でHPCシステムズが開発した、連成分子化学計算 ３）粒子法計算・分子化学計算のGPGPU高速化 14:45-15:20 科学技術計算をGPGPU技術により劇的に高速化した事例を紹介する。(1)HPCシステムズが 休 憩 15:20-15:30 ４）質疑応答 15:30-15:50 ５）簡便な分子化学計算環境を体験する 15:50-17:00 Gaussianクラウドコンピューティングサービス「＠SIM」、連成分子化学計算プラットフォーム |
| ＠しっかりと講義に出席を＠ 化学基礎論 Ｉ ５月 ２１日(月） ９：１０ ２１号館 ２Ｆ ２２１２６講義室 原子の構造 電子の発見 化学基礎実験 ５月 ２１日（月） １５：００ １学舎 ３Ｆ 化学実験室 化学基礎実験 ５月 １６日（水） ９：１０ １学舎 ３Ｆ 化学実験室 分子モデリングシミュレーション（大学院） 後期 有機化学と生命化学における分子計算シミュレーション シミュレーション科学特別講義 ＩＩＩ（大学院） 後期 量子化学計算シミュレーション（演習含む） |
| 日本農芸化学会２０１２年度大会 平成２４年３月２２日（木）-３月２６日（月） 京都女子大学 終了しました ◆ 酵素リパーゼの鏡像体選択性の機構解明に向けた大規模生体分子量子化学計算 ○矢城陽一朗、守屋陽輔、今川 敦、木村崇知、亀澤 誠、直島好伸 |
| 日本コンピュータ化学会２０１２年春季年会 平成２４年５月１７日（木）－１８日（金） 東京工業大学大岡山キャンパス ◆ 甘味タンパク質の全電子量子化学計算（口頭発表） ○矢城陽一朗、直島好伸 ◆ エイズのHIV-1プロテアーゼ阻害薬の効果に関する大規模生体分子量子化学計算（ポスター発表） ○矢城陽一朗、直島好伸 |
| シンポジウム 生命科学に取り組む異分野の融合と交流の促進 －スーパーコンピュータ「京」と生命科学－ ２０１２年６月１日（金） 岡山大学 創立五十周年記念館 多目的ホール ◆ 大規模量子化学計算によりタンパク質の機能を探る ○矢城陽一朗、直島好伸 |
| 文部科学省 次世代 IT 基盤構築のための研究開発 第４回「イノベーション基盤シミュレーション ソフトウェアの研究開発」 シンポジウム 平成２４年７月５日（木）－６日（金） 東京大学生産技術研究所 革新的シミュレーション研究センター |
| 31st JSST Annual Conference JSST2012 International Conference on Modeling and Simulation Technology September 27-28, 2012 Port Island, Kobe, Japan スーパーコンピュータ「京」の見学会が予定されています Organized Session 8：Advanced Computer Simulation for Biomolecules and Nano Materials Session Organizers： Yoshinobu Naoshima (Okayama University of Science) Koji Sueoka (Okayama Prefectural University) Fumitoshi Sato (the University of Tokyo) Toshiyuki Hirano (the University of Tokyo) |
| 「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの 研究開発」 文部科学省次世代 IT 基盤構築のための研究開発 第３回統合ワークショップ －量子バイオ・ナノデバイスシミュレーションシステム－ 平成２３年２月２４日（木） 東京大学生産技術研究所 革新的シミュレーション研究センター 終了しました 直島研究室の生体分子量子化学計算の研究を紹介する ◆ 量子化学計算によりタンパク質の機能を探る ～直島研究室におけるProteinDF および ABINIT-MP/BioStation による計算事例～ ○矢城陽一朗、岩佐彰浩、守屋陽輔、柴﨑洋平、今川 敦、服部洋介、田中孝尚、直島好伸 |
| 日本農芸化学会２０１１年度大会 平成２３年３月２５日（金）-３月２８日（月） 京都女子大学 重要 ・2011年度大会は中止となりました (2011. 3. 15. 17:30) ・既に大会講演要旨集が発行され、また、特許庁と国会図書館 には納品済みなので、本大会での発表は成立しているとのことです ・2011. 4. 6. 大会講演要旨集が届きました |
| 日本コンピュータ化学会２０１１年春季年会 ＆１０周年記念シンポジウム 平成２３年６月１５日（水）－１７日（金） 東京工業大学大岡山キャンパス 終了しました ◆ 酵素リパーゼの鏡像体選択性に関する大規模生体分子化学計算 口頭発表 ○守屋陽輔、矢城陽一朗、今川 敦、木村崇知、亀澤 誠、直島好伸 SCCJ特別奨学賞 ◆ 大規模量子化学計算による甘味タンパク質ブラゼインの機能解析 口頭発表 ○矢城陽一朗、直島好伸 ◆ 大規模量子化学計算による甘味タンパク質およびその変異体の機能解析 ○矢城陽一朗、直島好伸 ◆ エイズタンパク質やヒトタンパク質とエイズ阻害剤との相互作用に関する フラグメント分子軌道計算 ○岩佐彰浩、矢城陽一朗、直島好伸 SCCJ奨学賞 |
| 30th JSST Annual Conference (JSST 2011) International Conference on Modeling and Simulation Technology 第３０回日本シミュレーション学会大会 October 22-23, 2011 Tokai University Takanawa Campus, Tokyo 終了しました Organized Session 2：Advanced Computer Simulation for Biomolecules and Nano Materials Session Organizers： Yoshinobu Naoshima (Okayama University of Science) Koji Sueoka (Okayama Prefectural University) Fumitoshi Sato (the University of Tokyo) acceptされた１３の研究論文が発表されます OS2-1 7 papers OS2-2 6 papers ◆ Large-Scale Quantum Chemical Calculation on the Complexes of HIV-1 Protease and Inhibitors: A Relationship of Calculation Energies with Drug Effects of Inhibitors Y. Yagi, A. Iwasa, and Y. Naoshima accepted |
| CBI学会・JSBi学会2011合同大会 「計算科学の拓く新しい生命像」 ２０１１年１１月８日(火）－１１月１０日(木） 神戸ポートアイランド 神戸国際会議場 終了しました ◆Electronic State Calculation toward Sweet-Tasting Proteins Y. Yagi and Y. Naoshima accepted ◆Biomolecular Quantum Chemical Calculations for Evaluating the Drug Effects of HIV-1 Protease Inhibitors Y. Yagi, A. Iwasa, and Y. Naoshima accepted ◆Large-Scale Biomolecular Computations toward the Prediction of Burkholderia cepacia Lipase Enantioselectivity Y. Moriya, Y. Yagi, A. Imagawa, T. Kimura, M. Kamezawa, and Y. Naoshima accepted |
| 第５５回香料・テルペンおよび精油化学に 関する討論会 平成２３年１１月１９日（土）－１１月２１日（月） 筑波大学つくばキャンパス 終了しました ◆ 大規模生体分子化学計算による酵素リパーゼの鏡像体選択性の予測 ○矢城陽一朗、守屋陽輔、今川 敦、木村崇知、亀澤 誠、直島好伸 ◆ 実験化学者のための生体分子化学計算システムの開発 ○森 義裕、渡邊啓正、英 憲悦、直島好伸 |
| ４年生学生による学会発表 |
| 大学院 ２０１２年度後期 ●分子モデリングシミュレーション コンピュータ上で有機分子や生体分子をつくり、その分子構造、 反応性、および機能を解析し、予測することができる 有機分子およびアミノ酸、タンパク質、糖などの生体分子に関する 分子動力学計算や量子化学計算による分子シミュレーションを行い、 次世代電子デバイスやバイオ研究に不可欠な生命科学とコンピュータ シミュレーションの双方の知識と技術の修得を目指す。 Gaussian や Amber、Conflex 、ProteinDFなどの分子化学計算ソフトを使用する ◆受講者は、有機化学、生命科学、コンピュータの基礎的な知識が必要です 参考書： 「はじめての生命科学」、菊池・青江 編著、岡本・佐藤・直島・長谷川 共著 三共出版、２００９（２０１２ 初版第２刷） 第４章 直島好伸 ”生命情報科学と生命科学 －コンピュータで生体分子を解析する－” 「シミュレーション辞典」 日本シミュレーション学会編 コロナ社 ２０１２ ◆分子化学計算に関する論文やパワーポイント資料、プリントを配布する |
No educated person today can understand the world
around them without a basic knowledge of chemistry.
Cells Obey the Laws of Chemistry!
| 私たちの身のまわりには、右手と左手との関係のように、互いに重なり合えない異性体分子を持つ化合物が存在しています。それらはエナンチオマー（鏡像体）と呼ばれ、その香りや生物に対する作用が違うことが多いのです｡例えば、コンブの旨み成分のグルタミン酸というアミノ酸分子を左手型とすると、対応する右手型の分子は旨みが感じられません。酵素というタンパク質分子はこれら左右のエナンチオマーに特異的に働けかけ、区別することができます｡ 私たちの研究室では、医薬、食品、香料、色素など、人間生活を向上させるのに有用な化学物質の右手型と左手型を酵素分子を用いて作り分けたり、コンピュータ計算で分子設計したり、また、その生命分子の生物機能や特異性を、コンピュータモデリングによって解明、予測することを試みています。 ●コンピュータモデリングやシミュレーションとは何ですか ”コンピュータで自分の夢を組み立て、そしてその夢をコンピュータで膨らませる こと”、だと考えています。 |
| 〈前期〉化学基礎論 I 電子の発見の歴史などについて少しまとめました！ ★光(電磁波）に関する研究：プランク、アインシュタイン、ド・ブロイ などの理論と式 エネルギー量子説、光の二重性、電子の二重性 ★新しいミクロの法則 シュレディンガーの波動方程式 量子数 n, l, m, ms n とl の組合せ：1s軌道、2p軌道、3d 軌道など ★原子の電子配置 パウリの排他律、フントの規則 電子社会の規則に従って原子の電子配置を書いてみよう そしてそれに基づいて周期表を理解しよう ★分子軌道法 結合性分子軌道と反結合性分子軌道 ★炭素の混成軌道 sp3, sp2, sp 混成軌道 ★炭素以外の原子の混成 分子構造と混成軌道の関係について考える ★ルイス酸とルイス塩基 |
| 〈後期〉化学基礎論 II ★身近な有機化合物 ★官能基と構造式の書き方 ★炭化水素のIUPAC命名法 methane から decane まで ★alkenes, alkynes, alcoholsの命名法そして構造異性体 ★幾何異性体 シス、トランス異性と（E,Z)表示 ★配座異性体 Newman投影式 ★エナンチオマー、ジアステレオマー、メソ体 ★グルコースやガラクトースの環状構造 ★アミノ酸 Gly, Ala, Ser, Tyr など ★タンパク質のアミノ酸シークエンスと三次構造 |
| 〈分子化学計算－コンピュータシミュレーション〉 ●ZINDO-CI 法によるアズレンやアリザリンなどの色素分子の紫外可視吸収 スペクトル計算 ●タンパク質と基質分子とのドッキング計算 ●有機人名反応の遷移状態の量子化学計算 ●タンパク質と基質分子の相互作用に関する量子化学計算 ●タンパク質全電子量子化学計算 ◆Itanium 2-Gaussian 03有機分子量子化学計算システム ◆Dual Core- ABINIT-MP/BioStation 生体分子量子化学計算システム ◆Itaniumu 2-Amber 分子力学（動力学）計算システム ◆Dual Core-Conflex 分子力学（動力学）計算システム ◆Dual Core-ProteinDF 生体分子量子化学計算システム New◆GPGPU-Amber 分子動力学計算システム◆New |
最近読んだ池波正太郎関係の本
◆映画を食べる 河出文庫
◆新編 男の作法 サンマーク出版
◆鬼平料理番日記 小学館文庫
◆鬼平舌つづみ 文春文庫
◆鬼平犯科帳の人生論 文春文庫
◆鬼平を歩く 知恵の森文庫 光文社
◆池波正太郎の江戸を往く 歴史を歩く Vol 2 新人物往来社
◆池波正太郎劇場 新潮新書 新潮社
◆池波正太郎への手紙
◆池波正太郎の食まんだら
◆池波正太郎 エッセイ・シリーズ ５
芝居と映画と人生と 朝日文庫
◆池波正太郎 エッセイ・シリーズ １
東京の情景 朝日文庫
◆池波正太郎 エッセイ・シリーズ ７
ルノワールの家 朝日文庫
2009年
◆池波正太郎を歩く 毎日新聞社
2010年
◆池波正太郎が通った[店] いそっぷ社
◆池波正太郎の愛した味 小学館
取り寄せガイドつき
これまでに読んだ藤原正彦の本
◆若き数学者のアメリカ
◆国家の品格 新潮新書
◆祖国とは国語 新潮文庫
◆この国のけじめ
◆藤原正彦の人生案内
◆心に太陽を唇に歌を
◆決定版 この国のけじめ 文春文庫
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